常见的不发生效力情形主要包括以下情形：1.超出合同纠纷或者财产纠纷范围，如涉及身份关系的协议不能通过协议管辖的方式确定管辖法院；2.虽然约定协议管辖，但在起诉时不能确定管辖法院，如约定上海法院管辖，但在起诉时不能确定是哪家法院管辖；3.协议管辖所约定的地点并非与案件事实存在实际联系地点，如约定案外人住所地管辖；4.违反级别管辖和专属管辖的规定，如应当由中级人民法院管辖的民事案件，约定由基层人民法院处理；又如房屋租赁合同纠纷，应当由不动产所在地法院管辖，不能约定其他法院管辖。

 在实践中确定合同纠纷管辖法院的难点在于合同履行地的确定，理解应用时应当注意以下几个问题：1.履行地以当事人约定为准。除有例外，在通常情况下，合同履行地都以当事人合同中约定的履行地作为履行地。2.当事人签订合同后并未实际履行，合同中约定的履行地是否可以作为管辖的依据，则区分情况来确定。如果当事人双方的住所地均不在约定的履行地的，则此合同纠纷只能由被告住所地法院管辖；如果当事人一方或双方的住所地在约定的履行地，则该履行地可以作为管辖法院的确定依据。3.实践中还会遇到大量当事人未约定履行地的情况，在这种情况下则应根据合同的不同性质，来确定履行地。合同性质不同，履行地的确定也就存在差别。比如民间借贷合同纠纷可以以接受货币一方的所在地法院管辖，买卖合同中可以以履行义务一方的所在地法院管辖等。